15  Pacotes R

Ao realizar pesquisas ecológicas, acabamos nos deparando com quantidades absurdas de dados, com planilhas e mais planilhas. Por esse motivo, é muito comum utilizarmos a linguagem de programação R em pesquisas ecológicas.

Utilizamos o R para organizar dados, tratar tabelas, criar índices, realizar testes estatísticos e finalizar com lindos gráficos. Tudo isso é possível através do uso das ferramentas certas, que geralmente são distribuídas em pacotes, que nada mais são que conjuntos de funções específicas.

Obviamente é inviável e até foge do escopo deste livro trazer uma introdução ao R e ecologia quantitativa, mas recentemente foi lançado um livro on-line escrito por pesquisadores brasileiros com toda uma introdução neste tópico, é o livro Análises Ecológicas no R (que foi escrito no R como este aqui). Caso precise de ajuda com o R ou afins, estamos à disposição para ajudar (praticamente todos os laboratórios do Nupélia utilizam o R para análises).

Para a pesquisa com Genética Molecular, existem alguns pacotes que podem ajudar.

15.1 Pacote nupgen (R)

Link: https://brunomioto.github.io/nupgen/

Este é um pacote criado com algumas funções internas do nosso laboratório, são elas:

  • Renomear arquivos PHYLIP com label_phy()

  • Obter informações de sequências do GenBank com info_genbank()

    As informações buscadas são:

    • Código do GenBank

    • Nome do organismo

    • País de origem (pode conter mais informações)

    • Latitude

    • Longitude

    • Gene

  • Formatar resultados da Delimitação de Espécies do PTP (ou bPTP) com ptp_results()

Instalação

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)){
    install.packages("remotes")
  }
remotes::install_github("brunomioto/nupgen")

15.2 Rocc

Link: https://docs.ropensci.org/bold/

Baixa dados do specieslink

Instalação

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)){
    install.packages("remotes")
  }
remotes::install_github("liibre/Rocc")

15.3 bold

Link: https://docs.ropensci.org/bold/

Baixa dados do bold

Instalação

install.packages("bold")

15.4 refdb

Link: https://fkeck.github.io/refdb/index.html

Baixa dados do genbank

Instalação

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)){
    install.packages("remotes")
  }
remotes::install_github("fkeck/refdb")

15.5 Herodotools

Link: https://gabrielnakamura.github.io/Herodotools/index.html

Biogeografia

Instalação

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)){
    install.packages("remotes")
  }
remotes::install_github("GabrielNakamura/Herodotools")

15.6 ggtree

Link: https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html

Edição de árvores

Instalação

install.packages("ggtree")

15.7 ggmsa

Link: http://yulab-smu.top/ggmsa/

Visualização de sequências

Instalação

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)){
    install.packages("remotes")
  }
remotes::install_github("YuLab-SMU/ggmsa")